Útvar interního auditu je přímo podřízený řediteli VFN, čímž je garantována jeho funkční nezávislost a organizační oddělení od řídících výkonných struktur VFN.

Útvar interního auditu:

• poskytuje přímou podporu pro efektivní řízení a strategická rozhodnutí vedení VFN;
• vyhodnocuje efektivnost, účelnost a hospodárnost využití dostupných materiálních, technologických, finančních a lidských zdrojů;
• ve spolupráci s odbornými útvary definuje požadavky na tvorbu a úpravy interních norem VFN pro účely řízení;
• plní ve VFN funkci útvaru interního auditu ve smyslu zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě;
• předkládá doporučení ke zkvalitnění řízení provozní a finanční činnosti VFN, optimalizaci procesů a zdokonalení vnitřního kontrolního systému VFN;
• je garantem centrální evidence vnitřních kontrol ve vazbě na roční plán vnitřní kontrolní činnosti ve VFN;
• je garantem centrální evidence kontrol VFN ze strany externích kontrolních orgánů;
• má odpovědnost za přijímání, evidenci a vyřizování stížností proti postupu VFN při poskytování zdravotních služeb nebo proti činnostem souvisejícím se zdravotními službami ve smyslu §93 zákona č. 372/2011 Sb., o zdravotních službách a podmínkách jejich poskytování;
• je garantem centrálního registru korupčního jednání a interního protikorupčního programu VFN.