Kořeny moderní české sexuologie sahají do počátku 20. století. Již tehdy panovalo na pražské univerzitě příznivé prostředí pro rozvoj tohoto oboru. Dermatovenerolog profesor Šamberger přednášel studentům o sexuálních poruchách a podporoval vznik samostatného pracoviště věnovaného sexuální medicíně.

V roce 1921 byl lékař Ferdinand Pečírka jmenován profesorem sexuální patologie a měl založit Ústav pro sexuální patologii. Jeho předčasná smrt však zabránila realizaci tohoto plánu. Zůstala po něm pouze malá knihovna označená razítkem budoucího ústavu, která byla na čas uložena na dermatovenerologické klinice a na vznik specializovaného pracoviště se postupně zapomnělo.

Myšlenka samostatného oboru se znovu oživila koncem 20. let. Profesor Šamberger tehdy podpořil mladého lékaře Josefa Hynieho, který se rozhodl sexuologii systematicky studovat. V roce 1929 proto Hynie absolvoval studijní pobyt v berlínském Institutu pro sexuologii vedeném Magnusem Hirschfeldem, jednom z nejvýznamnějších center sexuologického výzkumu té doby.

Důležitý zlom nastal v roce 1935, kdy byla znovu objevena knihovna profesora Pečírky. Josef Hynie byl pověřen její správou a knihy přesunul na dermatovenerologickou kliniku profesora Šambergera. Zde vzniklo první pracoviště označené jako Ústav pro sexuální patologii, kde Hynie zahájil konzultace pro pacienty a přednášky pro studenty medicíny.

Druhá světová válka přerušila vědeckou práci, ale Hynie toto období využil k psaní odborných publikací. Jednou z nich byla kniha Úvod do lékařské sexuologie, která se po válce stala důležitým základem pro další rozvoj oboru.

V roce 1946 byl Josef Hynie jmenován profesorem lékařské sexuologie na Lékařské fakultě Univerzity Karlovy a zároveň vedoucím samostatného ústavu. Tím vzniklo první systematické sexuologické pracoviště v Československu. Krátce poté se ústav přestěhoval do prostor v Salmovské ulici v Praze, kde začal budovat odborný tým mladých lékařů a rozvíjet klinickou i vědeckou činnost.

Postupně se změnil i název pracoviště – z původního „Ústavu pro sexuální patologii“ na „Sexuologický ústav“. Nový název lépe vystihoval širší zaměření oboru, který se nezabývá pouze poruchami, ale celou oblastí lidské sexuality.

Přednostové stávajícího Sexuologického ústavu VFN (1. LF UK) v Praze

1921–1922 prof. Ferdinand Pečírka (1859 – 1922)

1935–1974 prof. Josef Hynie (1900 – 1989)

1974–1989 prof. Jan Raboch (1917 – 2022)

1989–2012 doc. Jaroslav Zvěřina (1942)

2012–2017 doc. Michal Pohanka (1969)

2017–2020 prof. Jiří Raboch (1951)

2020–2022 Ústav jako samostatné oddělení Psychiatrické kliniky VFN a 1. LF UK v Praze

2023– Libor Zámečník (1970) – vedení samostatného oddělení v rámci VFN