Sexuologický ústav poskytuje léčebnou a poradenskou péči pacientům a pacientkám s problémy v pohlavním životě. Součástí klinické práce ústavu je zejména:

• diagnostika a léčba sexuálních poruch,
• diagnostika a léčba poruch sexuální identifikace,
• diagnostika a léčba parafilií (sexuálních deviací),
• posuzování a ochranné léčení pachatelů sexuálních deliktů,
• vyšetřování a léčba poruch plodnosti muže,
• spermiologická laboratoř,
• poradenská, diagnostická a terapeutická péče o děti a mladistvé s poruchami sexuálního chování,
• poradenská, diagnostická a terapeutická péče o děti a mladistvé s poruchami vývoje pohlavních orgánů.

Poskytované poradenské služby zahrnují též antikoncepci a poradenství o sexuálních aspektech HIV/AIDS (včetně anonymního testování).