Klinické ambulance ÚIM zajišťují komplexní alergologickou a imunologickou péči na úrovni specializovaných ambulancí fakultní nemocnice (prevence, diagnostika, dispenzarizace, terapie) včetně konziliárních služeb pro pracoviště VFN, dle volných kapacit i v rámci Prahy a celé ČR.

Na pracovišti se soustřeďují nemocní s imunodeficiencemi, s klinicky závažnými autoimunitními chorobami, s alergickými chorobami včetně astma bronchiale. Na pracovišti je možné provádět bronchodilatační testy.

Veškerá komplexní činnost se opírá o laboratorní imunologická a alergologická vyšetření prováděná laboratoři, která tvoří samostatnou jednotku v rámci ÚLBLD VFN.

Součástí ústavu je Národní referenční laboratoř pro tkáňové helmintózy. V laboratoři se provádí sérologická diagnostika, mikroskopická diagnostika tkáňových preparátů, mikroskopické vyšetření moči a stolice, příprava antigenu larvální toxokarózy.